Mesmo sendo fácil ainda há gente que não conhece. Através de um parâmetro () dentro da tag object podemos especificar se o arquivo terá o fundo transparente.

<param name="wmode" value="transparent" />

Para muitos que aindam usam a tag embed para funcionar em todos os browsers tem que colocar o atributo wmode nela também:

<embed wmode="transparent" ... />

Então o código validado do SWF com fundo transparente ficaria assim:

<object type="application/x-shockwave-flash" data="filme.swf" width="550" height="400" >
    <param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
    <param name="movie" value="filme.swf" />
    <param name="wmode" value="transparent" />
</object>

Uma coisa que acontece também que pode gerar bastante dor de cabeça é quando algum elemento do HTML que deveria ficar por cima do SWF e acaba acontecendo o contrário. E mesmo alterando o z-index não resolve. Sendo a solução apenas deixar o SWF com o fundo transparente.